El Plan de Recuperación, Transformación y Resiliencia (PRTR) asigna al IDAE la gestión de 9.930.700.000 euros en su primera fase. A estos, la Adenda al PRTR, aprobada en octubre de 2023, añadirá 4.196 millones de euros en el paquete REPowerEU (Componente 31), así como 100 millones de euros asociados al PERTE de Economía Circular (Componente 12). Estas sumas conforman los 13.295.700 millones asignados actualmente a IDAE, que se gestionan de dos formas, de acuerdo con el reparto competencial entre comunidades autónomas y el Estado.
Gestión directa: El IDAE gestiona directamente las líneas de ayudas de proyectos singulares e innovadores y de ámbito supraautonómico en concurrencia competitiva, es decir, aquellas líneas en las que se subvencionan los proyectos que mejor valoración consiguen de acuerdo con una serie de criterios objetivos, fijados en las bases de cada una de las convocatorias. Adicionalmente, y en el marco de las competencias del Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico, el IDAE gestiona también el programa DUS 5000 de ayudas dirigido a los municipios de reto demográfico.
Gestión autonómica: Las comunidades autónomas y Ceuta y Melilla son las encargadas de gestionar líneas de ayudas de gran capilaridad en todo el territorio, que tienen al ciudadano, hogares, pymes y entes locales como destinarios principales. En estas convocatorias, las subvenciones se otorgan por concurrencia simple, es decir, a todo aquel que cumpla con los requisitos para ser elegible, por orden de solicitud. El IDAE se encarga de repartir los fondos entre las administraciones autonómicas a partir de un sistema de reparto objetivo y acordado previamente entre los gobiernos central y autonómicos. Cuando las comunidades y ciudades autónomas agotan el presupuesto asignado, pueden solicitar ampliaciones.